Udało mu się jednak ułożyć życie prywatne. Od wielu lat jest w szczęśliwym związku. W 1995 roku jego żoną została dziennikarka Dorota Mirska. Małżonkowie doczekali się dwóch synów. W 1998 roku na świcie pojawił się Piotr, a cztery lata później pojawił się jego młodszy brat Michała.
Rafał Królikowski zmaga się z chorobą. Ujawnił co się z nim dzieje
Aktor przez wiele lat pracował bardzo intensywnie, co łączył z życiem prywatnym i opieką nad dziećmi. W zeszłym roku życiem jego rodziny wstrząsnęła wielka tragedia. Zmarł jego rodzony brat i uwielbiany przez widzów Kusy z serialu Ranczo, Paweł Królikowski. To był dla niego ogromny cios. Już wcześniej jednak musiał stawić czoła poważnemu problemowi zdrowotnemu. U Rafała zdiagnozowano depresję. O ciężkich przejściach opowiedział w rozmowie z magazynem Viva.
Przyznał, że narzucił sobie zbyt szybkie tempo pracy, co doprowadziło jego organizm do opłakanych wręcz skutków. Przez chorobę musiał diametralnie zmienić tryb życia.
Na szczęście Rafał najtrudniejsze chwile ma już za sobą, a dzięki wsparciu bliskich i pomocy specjalistów udało mu się dojść do siebie. Ostatnio coraz więcej znanych gwiazd zmaga się z problemem, jakim jest depresja. Wiele z nich zdecydowało się publicznie opowiedzieć o swoich problemach, co może okazać się wsparciem dla fanów.