Artystka od 1976 roku jest żoną Fotisa Tzokasa, brata założyciela zespołu Prometheus, Kostas Tzokasa. Mężczyzna jest również jej managerem oraz autorem tekstów niektórych piosenek wykonywanych przez gwiazdę. Para doczekała się jednego dziecka, córki Afrodyty.
O tragedii, która dotknęła rodzinę Eleni, było głośno w całej Polsce. Jej jedyna córka została zastrzelona w lesie przez byłego partnera, Piotra G. 21-letni wówczas mężczyzna uprowadził Afrodytę 20 stycznia 1994 roku. Tego dnia jej rodzice odebrali telefon z żądaniem okupu. Pozostałe szczegóły mieli ustalić podczas kolejnej rozmowy, która już się nie odbyła. Śledczy ustalili, że w dniu jej zniknięcia wsiadła do auta byłego chłopaka, który był bardzo zaborczy i nie podobało mu się to, że 17-latka jest bardzo towarzyska. Ciało zastrzelonej nastolatki odnaleziono w lesie nieopodal Przybrodzina.
Eleni o rozmowie z matką zabójcy swojej córki
Cały kraj żył tą sprawą i nikt nie spodziewał się tego, w jaki sposób zachowa się matka zmarłej dziewczyny. Eleni postanowiła wybaczyć Piotrowi, który odebrał życie jej jedynej córce. Podczas rozmowy z Mateuszem Szymkowakiem w programie Taka jak Ty wyjaśniła, że matka nauczyła ją tego, by darować winy i to właśnie tym kierowała się w tamtej chwili.
W dalszej części rozmowy wyjaśniła, co rozumie przez słowo przebaczenie. Nie zapomniała, jak karygodnego czynu dopuścił się Piotr, ale dzięki temu mogła poradzić sobie ze stratą.
Ze łzami w oczach przyznała, że cały czas cierpi po stracie Afrodyty.
Szymkowiak zauważył, że Eleni wspomniała o tragedii dwóch rodzin. Zapytał ją więc o to, czy pamięta moment, w którym zdecydowała się zadzwonić do matki Piotra G.
Wokalistka przyznała, że matka sprawcy zareagowała na tę wiadomość bardzo emocjonalnie i do tej pory odczuwa skutki tej tragedii.
Artystka przyznała, że przez cały czas zastanawia się nad tym, jaka byłaby teraz jej córka. Zdradziła, że była bardzo uzdolniona graficznie i nie raz myśli o tym, że mogłaby teraz projektować okładki do jej płyt. Przyznała, że Afrodyta nigdy nie ujawniła talentu muzycznego, nie mniej jednak udało jej się znaleźć nagranie, na którym śpiewała utwór Janis Joplin i jak przyznaje, świetnie sobie poradziła.